Fundusz Rekompensacyjny utworzony został na podstawie art. 16 ust.1 ustawy z dnia 8 lipca 2005 r. o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. nr 169, poz. 1418 z późn. zm.) w celu zaspokojenia roszczeń wynikających z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej lub jej opuszczenia w związku z wojną rozpoczętą w 1939 r.

Z Funduszu Rekompensacyjnego finansowane są wypłaty świadczeń pieniężnych dla osób uprawnionych do otrzymania rekompensaty oraz obsługa wypłat tych świadczeń.

Zgodnie z postanowieniami ustawy podstawowym źródłem przychodów Funduszu są przede wszystkim wpływy ze sprzedaży nieruchomości Zasobu Własności Rolnej Skarbu Państwa, z ich częściami składowymi, realizowanej w trybach przetargowych. Istnieje także możliwość udzielenia pożyczki z budżetu państwa w przypadku niedoboru środków finansowych.

Wobec tego stwierdzenie, że pieniądze na zaspokojenie roszczeń pochodzą ze sprzedaży i wydzierżawiania majątków rolnych, do których są roszczenia reprywatyzacyjne, nie jest zgodne ze stanem faktycznym. Ponadto środki Funduszu Rekompensacyjego nie ograniczają się tylko do wpłat w roku 2008. Aktualny stan środków Funduszu Rekompensacyjnego na dzień 7.07.2008 r. wynosi ok. 900 mln. zł. Wpłaty środków przez Agencję będą realizowane także w latach następnych.

Ministerstwo Skarbu Państwa po przeprowadzeniu analizy przychodów i wydatków Funduszu Rekompensacyjnego w związku z rozpoczęciem prac nad projektem ustawy budżetowej na 2009 rok oceniło, że nie będzie konieczności zaciągania pożyczki z budżetu państwa na uzupełnienie środków na wypłaty rekompensat w roku 2009.

Powodem opóźnień w wypłacie świadczeń jest fakt, że uprawnienia zabużańskie są rejestrowane w urzędach wojewódzkich w formie elektronicznej, a dane osób uprawnionych przekazywane drogą elektroniczną do rejestru centralnego prowadzonego w Ministerstwie Skarbu Państwa. Jednakże czynności, o których mowa powyżej, nie są realizowane w ramach jednolitego systemu rejestrów, co powoduje ograniczenia w zakresie przetwarzania danych osób uprawnionych, skutkujące mniejszą od oczekiwanej liczbą wypłaconych rekompensat.

Ministerstwo Skarbu Państwa prowadzi prace nad wykonaniem i wdrożeniem jednolitego systemu informatycznego rejestrów obejmującego rejestr centralny i rejestry wojewódzkie, prowadzone przez Ministra Skarbu Państwa i wojewodów. Uruchomienie systemu pozwoli na szybkie przekazywanie danych o zarejestrowanych w urzędach wojewódzkich uprawnieniach zabużańskich do rejestru centralnego prowadzonego przez MSP i tym samym stworzy podstawy do bieżącej realizacji wypłat oraz zlikwidowania kolejki osób oczekujących.

Jednolity system informatyczny rejestrów powinien zacząć funkcjonować do końca 2008 roku, natomiast bieżąca obsługa wypłat rekompensat będzie możliwa najprawdopodobniej w II kwartale 2009 r.